https://lbgi.fr/wikili/api.php?action=feedcontributions&user=130.79.78.212&feedformat=atomWikili - User contributions [en]2024-03-29T15:28:08ZUser contributionsMediaWiki 1.30.0https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=LBGI&diff=1635LBGI2007-04-27T07:44:05Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''LBGI''' : le Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives<br />
<br />
Petit GrandChef [http://alnitak.u-strasbg.fr/~poch Olivier Poch] et tous les [[Membres du LBGI]]. ... [http://alnitak.u-strasbg.fr/lbgi_organigramme.jpg Organigramme]<br />
<br />
Le Wiki de [[Laëtitia]].</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Raymond_Ripp&diff=1615Raymond Ripp2007-04-25T13:14:01Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
voir aussi mon [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp site bio3d] et [http://alnitak.u-strasbg.fr/~ripp mon site lbgi] <br />
<br />
Je suis Ingénieur de Recherche CNRS, <br />
membre du Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives [[LBGI]], <br />
du Départment de Biologie et Génomique Structurales [[DBGS]], <br />
de l'Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire [[IGBMC]]<br />
<br />
==Ma vie mon oeuvre==<br />
<br />
[http://raymondripp.fr mapage]</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_Ubuntu&diff=1578Installation de Ubuntu2007-04-19T09:33:11Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Ubuntu est un Linux issu de Debian<br />
<br />
voir [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/PublicDirectory/systeme/UbuntuInstallation.txt Installation Ubuntu] par Nicolas et Raymond<br />
<br />
On part du DVD fourni par Ubuntu<br />
<br />
* On boote dessus ...<br />
** Il demande quoi faire (on prend le 1er avec graphique)<br />
** Il charge un Linux complet sans toucher aux disques<br />
** Sur le bureau il y a une icone "Install"<br />
** Il demande alors sur quel disque ... les partitions à faire etc. <br />
** Tout est graphique et facile.<br />
<br />
<br />
* [[Installation de CAPweb]]<br />
* [[Installation de R]]<br />
* [[Installation de Tcl/Tk]]</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida&diff=1577Kilida2007-04-19T09:32:43Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Kilida''' veut dire '''oeil''' en grec moderne.<br />
<br />
==Kilida serveur==<br />
Kilida était destiné à devenir le serveur pour [http://www-genoret.u-strasbg.fr/genoret EVI-Genoret].<br />
<br />
En attendant il sert de miroir et de machine test car c'est [[Alnitak]] le vrai serveur... voir [[Kilida et Alnitak]]<br />
<br />
Kilida est, physiquement, soit la [[Lame]] soit la [[Tour]] et tourne sous Ubuntu<br />
<br />
Voir [[Installation de Ubuntu]]</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida_et_Alnitak&diff=1576Kilida et Alnitak2007-04-19T09:25:45Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>[[Kilida]] et [[Alnitak]] sont nos deux serveurs que l'on bascule allègrement de l'un vers l'autre en faisant l'échange des numéros IP.<br />
<br />
Il y a en fait deux machines physiques. L'un est une [[Lame]] en salle machine l'autre une [[Tour]] dans la salle 3D.<br />
<br />
Alnitak est la machine serveur de bases de données visible de l'extérieur.<br />
Kilida est le miroir.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida_et_Alnitak&diff=1575Kilida et Alnitak2007-04-19T09:24:18Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>[[Kilida]] et [[Alnitak]] sont nos deux serveurs que l'on bascule allègrement de l'un vers l'autre en fausant l'échange des numéros IP.<br />
<br />
Il y a en fait deux machines physiques. L'un est une [[Lame]] en salle machine l'autre une [[Tour]] dans la salle 3D.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida&diff=1574Kilida2007-04-19T09:23:01Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Kilida''' veut dire '''oeil''' en grec moderne.<br />
<br />
==Kilida serveur==<br />
Kilida est destiné à devenir le serveur pour [http://www-genoret.u-strasbg.fr/genoret EVI-Genoret] et en attendant il sert de test pour le [http://alnitak.u-strasbg.fr LBGI]<br />
Wikili est le wiki de Kilida<br />
<br />
'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tourne maintenant sous Ubuntu'''<br />
voir [[Installation de Ubuntu]]<br />
tout ce qui suit est à mettre à jour <br />
<br />
<br />
* [[Installation de CAPweb]]<br />
* [[Installation de R]]<br />
* [[Installation de Tcl/Tk]] <br />
<br />
<br />
Le site wwwLinux qui est sur alnitak est pour ainsi dire miroré sur Kilida.<br />
Comment ?<br />
* dans /homeKilida/wwwKilida il y a beaucoup de liens vers wwwLinux/xxx</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida_et_Alnitak&diff=1573Kilida et Alnitak2007-04-19T09:20:41Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>[[Kilida]] et [[Alnitak]] sont nos deux serveurs que l'on bascule allègrement de l'un vers l'autre en fausant l'échange des numéros IP.<br />
<br />
Il y a en fait deux machines physiques. L'un est une lame en salle machine l'autre une tour dans la salle 3D.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida_et_Alnitak&diff=1572Kilida et Alnitak2007-04-19T09:19:52Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Kilida et Alnitak sont nos deux serveurs que l'on bascule allègrement de l'un vers l'autre.<br />
<br />
En fait on leur échange les numéros IP.<br />
<br />
Il y a en fait deux machines physiques. L'un est une lame en salle machine l'autre une tour dans la salle 3D.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida_et_Alnitak&diff=1571Kilida et Alnitak2007-04-19T09:19:03Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Kilida et Alnitak sot nos deux serveurs que l'on bascule allègrement de l'un vers l'autre.<br />
<br />
En fait on leur échange les numéros IP.<br />
<br />
Il y a en fait deux machines physiques. L'un est une lame en salle machine l'autre une tour dans la salle 3D.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=1570Main Page2007-04-19T09:16:32Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
vous êtes ici sur le serveur Wiki du [[LBGI]] (Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives)<br />
<br />
==Progiciels==<br />
* [[Bird]] ... Hoan est disponible !<br />
* [[Gscope]] en général<br />
** ... et [[Gscope Clonage]] en particulier<br />
* [[Café des sciences]] sur Ouragan ou autre ...<br />
* [[CVS]] Pour récupérez les dernières versions stables de programmes enregistrés sur le dépot.<br />
* [[Macsims]]<br />
<br />
==Serveur et données==<br />
* Où en sont nos serveurs [[Kilida et Alnitak]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
<br />
==Projets==<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[Magos]]<br />
<br />
==Outils programmation et Unix==<br />
* [[Tcl/Tk]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix| aide Unix]]<br />
* [[Html et Javascript]]<br />
* [[logiciels]] disponibles sur les serveurs.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1565UCSCGenomes2007-04-17T12:59:42Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beaucoup de choses:<br />
<br />
Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont comptées à partir de 0<br />
Il y a donc un décalage de 1.<br />
<br />
==Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[Bird]] (sous DB2)==<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')<br />
** '''BirdGetFields''' NM f1,f2,f3 <br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
<br />
==Les tables Database==<br />
On y trouve refGene.txt knownGene.txt etc.<br />
<br />
==Les séquences==<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
==Les banques BLAT==<br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
==LocUcsc==<br />
LocUcsc a été réécrit pour utiliser les données DB2 de Bird<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Html_et_Javascript&diff=1539Html et Javascript2007-02-26T08:30:56Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Quelques outils pour Html et Javascript<br />
<br />
* includeFile <br />
<br />
<pre><br />
function includeFile (fileName) {<br />
if (document.getElementsByTagName) {<br />
Script = document.createElement("script");<br />
Script.type = "text/javascript";<br />
Script.src = fileName;<br />
var Body = document.getElementsByTagName("body");<br />
if (Body) {<br />
Body[0].appendChild(Script);<br />
}<br />
}<br />
}<br />
<br />
function includeAllJavascriptToolsFromRr () {<br />
includeFile("http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/jstools/prototype.js") ;<br />
includeFile("http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/jstools/JavascriptToolsFromRr.js") ;<br />
includeFile("http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/jstools/Decoration.js") ;<br />
}<br />
</pre></div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=1538Main Page2007-02-26T08:28:52Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
vous êtes ici sur le serveur Wiki du [[LBGI]] (Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives)<br />
<br />
==Progiciels==<br />
* [[Bird]] ... Hoan est disponible !<br />
* [[Gscope]] en général<br />
** ... et [[Gscope Clonage]] en particulier<br />
* [[Café des sciences]] sur Ouragan ou autre ...<br />
* [[CVS]] Pour récupérez les dernières versions stables de programmes enregistrés sur le dépot.<br />
* [[Macsims]]<br />
<br />
==Serveur et données==<br />
* Où en est le serveur [[Kilida]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
<br />
==Projets==<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[Magos]]<br />
<br />
==Outils programmation et Unix==<br />
* [[Tcl/Tk]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix| aide Unix]]<br />
* [[Html et Javascript]]<br />
* [[logiciels]] disponibles sur les serveurs.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Caf%C3%A9_des_sciences&diff=1513Café des sciences2007-02-13T09:27:36Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Café des sciences <br />
<br />
On dirait une usine à gaz mais ça marche du tonnerre depuis plus de 7 ans. <br />
<br />
Attention voir [[Tcl/Tk]] pour que le package Tcl http fonctionne avec le café des sciences</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=1511Main Page2007-02-13T09:16:32Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
vous êtes ici sur le serveur Wiki du [[LBGI]] (Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives)<br />
<br />
==Progiciels==<br />
* [[Bird]] ... Hoan est disponible !<br />
* [[Gscope]] en général<br />
** ... et [[Gscope Clonage]] en particulier<br />
* [[Café des sciences]] sur Ouragan ou autre ...<br />
* [[CVS]] Pour récupérez les dernières versions stables de programmes enregistrés sur le dépot.<br />
* [[Macsims]]<br />
<br />
==Serveur et données==<br />
* Où en est le serveur [[Kilida]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
<br />
==Projets==<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[Magos]]<br />
<br />
==Outils Unix==<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix| aide Unix]]<br />
* [[logiciels]] disponibles sur les serveurs.<br />
<br />
<div id="id90446c052120bf9ce69cb03f0c7052bd" style="overflow:auto;height:1px;"><br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/online_casino_games online casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games_online casino games online]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/buy_adipex buy adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex_online adipex online] <br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/tramadol tramadol]<br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/cheap_tramadol cheap tramadol]</div></div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Gscope_Clonage&diff=1495Gscope Clonage2007-01-23T15:47:15Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Gscope Clonage''' <br />
* et une application spécifique de [[Gscope]] qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.<br />
* fait toutes les analyses possibles de vos séquences<br />
* dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. <br />
<br />
===Création de la séquence===<br />
* Pour cela il faut :<br />
** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.<br />
** un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.<br />
** une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."<br />
** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)<br />
<br />
===Analyse de séquence===<br />
... qui vous aide à définir les domaines de la protéines<br />
<br />
===Commande d'oligos===<br />
* Il suffit de créer un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)<br />
<br />
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2<br />
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2<br />
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2<br />
<br />
* mais attention ...<br />
** écrire les signaux correctement, avec majuscule et miniscules<br />
** les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.<br />
** le - de hsDRH4-A fait parti du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.<br />
* gscope OligAuto fait tout le reste en automatique.<br />
<br />
===Verification de séquence===<br />
<br />
===Serait-ce un LIMS ?===<br />
Et bien sûr Gscope garde tout ça en mémoire et vous l'affiche à la demande.<br />
<br />
setgscope ProGS<br />
gscope<br />
<br />
A+ Raymond</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Gscope_Clonage&diff=1494Gscope Clonage2007-01-23T15:42:38Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Gscope Clonage''' et une application spécifique de [[Gscope]] qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.<br />
<br />
'''Gscope Clonage''' fait toutes les analyses possibles de vos séquences<br />
<br />
'''Gscope Clonage''' dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. <br />
<br />
<br />
<br />
===Création de la séquecnce===<br />
* Pour cela il faut :<br />
** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.<br />
** un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.<br />
** une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."<br />
** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)<br />
<br />
===Analyse de séquence===<br />
... qui vous aide à définir les domaines de la protéines<br />
<br />
===Commande d'oligos===<br />
* Il suffit de créer un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)<br />
<br />
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2<br />
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2<br />
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2<br />
<br />
** Attention à écrire les signaux correctement, avec majuscule et miniscules<br />
** Attention au _ et - : les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.<br />
** Attention le - de hsDRH4-A fait parti du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.<br />
<br />
* gscope OligAuto fait tout le reste en automatique.<br />
<br />
<br />
<br />
===Verification de séquence===<br />
<br />
===Serait-ce un LIMS ?===</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Gscope_Clonage&diff=1493Gscope Clonage2007-01-23T15:24:45Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Gscope Clonage''' et une application spécifique de [[Gscope]] qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la protéine dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.<br />
<br />
'''Gscope Clonage''' fait toutes les analyses possibles de votre séquences<br />
<br />
'''Gscope Clonage''' dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. <br />
<br />
<br />
<br />
===Création de la séquecnce===<br />
* Pour cela il faut :<br />
** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.<br />
** un nom de gène contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.<br />
** une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase RAD3 (EC 3.6.1.-)."<br />
** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)<br />
<br />
===Analyse de séquence===<br />
<br />
===Commande d'oligos===<br />
<br />
===Verification de séquence===<br />
<br />
===Serait-ce un LIMS ?===</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Gscope_Clonage&diff=1492Gscope Clonage2007-01-23T15:18:18Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Gscope Clonage''' et une application spécifique de [[Gscope]] qui permet de créer, stocker et gérer toute les information sur la protéine dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.<br />
'''Gscope Clonage''' dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. <br />
<br />
* Pour cela il faut :<br />
** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.<br />
** un nom de gène contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs de _ de + d'apostrophes etc.<br />
** une définition du style "Homo sapiens Note DNA repair helicase RAD3 (EC 3.6.1.-)."<br />
** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB et;)</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=1491Main Page2007-01-23T15:03:21Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
vous êtes ici sur le serveur Wiki du [[LBGI]] (Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives)<br />
<br />
* [[Bird]] ... Hoan est disponible !<br />
* [[Gscope]] en général<br />
** ... et [[Gscope Clonage]] en particulier<br />
* [[Café des sciences]] sur Ouragan ou autre ...<br />
* [[CVS]] Pour récupérez les dernières versions stables de programmes enregistrés sur le dépot.<br />
* Où en est le serveur [[Kilida]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
* [[Macsims]]<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[Magos]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix]]<br />
<br />
<br />
<div id="id90446c052120bf9ce69cb03f0c7052bd" style="overflow:auto;height:1px;"><br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/online_casino_games online casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games_online casino games online]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/buy_adipex buy adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex_online adipex online] <br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/tramadol tramadol]<br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/cheap_tramadol cheap tramadol]</div></div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1484UCSCGenomes2007-01-10T13:41:35Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beaucoup de choses:<br />
<br />
Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont comptées à partir de 0<br />
Il y a donc un décalage de 1.<br />
<br />
==Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[Bird]] (sous DB2)==<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')<br />
** '''BirdGetFields''' NM f1,f2,f3 <br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
<br />
==Les séquences==<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
==Les banques BLAT==<br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
==LocUcsc==<br />
LocUcsc sera réécrit bientôt pour utiliser les données DB2 de Bird<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1483UCSCGenomes2007-01-10T13:40:10Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beaucoup de choses:<br />
<br />
Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont comptées à partir de 0<br />
Il y a donc un décalage de 1.<br />
<br />
==Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)==<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')<br />
** '''BirdGetFields''' NM f1,f2,f3 <br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
<br />
==Les séquences==<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
==Les banques BLAT==<br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
==LocUcsc==<br />
LocUcsc sera réécrit bientôt pour utiliser les données DB2 de Bird<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1482UCSCGenomes2007-01-10T13:37:56Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beaucoup de choses :<br />
<br />
Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont compées à partir de 0<br />
Il y a donc un décalage de 1.<br />
<br />
Y a du neuf ! Y a du neuf !<br />
<br />
==Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)==<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')<br />
** '''BirdGetFields''' NM f1,f2,f3 <br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
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==Les séquences==<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
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==Les banques BLAT==<br />
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* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
==LocUcsc==<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1481UCSCGenomes2007-01-10T13:23:33Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beaucoup de choses :<br />
<br />
Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont compées à partir de 0<br />
Il y a donc un décalage de 1.<br />
<br />
Y a du neuf ! Y a du neuf !<br />
<br />
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')<br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
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* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
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* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Oue&diff=1469Oue2006-12-21T17:13:01Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''oue''' la commande magique sous Unix qui dit '''où e'''st dans gscope les mots qui suivent.<br />
<br />
* '''oue''' blastppourtous<br />
* '''oue''' latotale<br />
* '''oue''' dom parse <br />
* '''oue''' proc machin<br />
<br />
en fait les mots qui suivent '''oue''' sont concaténés avec un blanc entre.<br />
<br />
* '''oue blast | gr proc''' récupère toutes les proc commençant par blast</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Oue&diff=1468Oue2006-12-21T17:12:01Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>oue la commande magique sous Unix qui dit '''où e'''st dans gscope les mots qui suivent.<br />
<br />
* oue blastppourtous<br />
* oue latotale<br />
* oue dom parse <br />
* oue proc machin<br />
<br />
en fait les mots qui suivent oue sont concaténés avec un blanc entre.<br />
<br />
* oue blast | gr proc récupère toutes les proc commençant par blast</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=1464Main Page2006-12-21T16:52:15Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
vous êtes ici sur le serveur Wiki du [[LBGI]] (Laboratoire de BioInformatique et Génomique Intégratives)<br />
<br />
* [[Bird]] ... Hoan est disponible !<br />
* [[Café des sciences]] sur Ouragan ou autre ...<br />
* Où en est le serveur [[Kilida]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
* [[Macsims]]<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[Magos]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix]]<br />
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<div id="id90446c052120bf9ce69cb03f0c7052bd" style="overflow:auto;height:1px;"><br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/online_casino_games online casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games_online casino games online]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/buy_adipex buy adipex]<br />
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[http://tramadol-wiki.com/index.php/tramadol tramadol]<br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/cheap_tramadol cheap tramadol]</div></div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=1458Main Page2006-12-20T09:46:44Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Bonjour, <br />
<br />
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<br />
* [[Café des sciences]] sur Ouragan ou autre ...<br />
* Où en est le serveur [[Kilida]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
* [[Macsims]]<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[Magos]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix]]<br />
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[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/online_casino_games online casino games]<br />
[http://casino-games-wiki.com/index.php/casino_games_online casino games online]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/buy_adipex buy adipex]<br />
[http://adipex-wiki.com/index.php/adipex_online adipex online] <br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/tramadol tramadol]<br />
[http://tramadol-wiki.com/index.php/cheap_tramadol cheap tramadol]</div></div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=BIRD&diff=1457BIRD2006-12-19T15:50:30Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Le site web de [http://star4:8080/mybiodb BIRD]</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1456UCSCGenomes2006-12-19T15:48:02Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :<br />
<br />
Y a du neuf ! Y a du neuf !<br />
<br />
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')<br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1455UCSCGenomes2006-12-19T15:47:16Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :<br />
<br />
Y a du neuf ! Y a du neuf !<br />
<br />
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** '''setbird'''<br />
** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par gscope (la suite est à confirmer par oue)<br />
** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** '''NPduNM''' NM (rend le NP)<br />
** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand<br />
** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1454UCSCGenomes2006-12-19T15:46:22Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :<br />
<br />
Y a du neuf ! Y a du neuf !<br />
<br />
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** setbird<br />
** bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par gscope (la suite est à confirmer par oue)<br />
** Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))<br />
** NPduNM NM (rend le NP)<br />
** GenesFromZone Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))<br />
** LocIn Position Orga Chro Strand<br />
** LocAfter Position Orga Chro Strand<br />
** LocBefore Position Orga Chro Strand<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1453UCSCGenomes2006-12-19T15:43:20Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :<br />
<br />
Y a du neuf ! Y a du neuf !<br />
<br />
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)<br />
<br />
On y a accès par<br />
* En mode console<br />
** setbird<br />
** bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)<br />
* par webservice<br />
** on attend l'url de Hoan<br />
* par gscope (la suite est à confirmer par oue)<br />
** Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie)<br />
** NPduNM NM rend le NP<br />
** GenesFromZone Debut Fin Orga Chr Strand FromWhere<br />
** LocIn Position Orga Chro Strand<br />
** LocAfter Position Orga Chro Strand<br />
** LocBefore Posotion Orga Chro Strand<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1433UCSCGenomes2006-11-28T14:03:11Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503 <br />
<br />
* Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602 <br />
** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503 <br />
<br />
* On peut aussi y trouver les banques blast<br />
<br />
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UCSCGenomes&diff=1432UCSCGenomes2006-11-28T13:03:40Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :<br />
<br />
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans<br />
** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips ou bigZips200405 etc.<br />
<br />
<br />
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human<br />
Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]<br />
<br />
[[Gscope]] fournit des fonctions <br />
<br />
'''LocUcsc ListOf Access''' return la liste des Access<br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only <br />
<br />
'''LocUcsc ListOfMouse Access''' return la liste des Access pour Mouse only</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_Ubuntu&diff=1424Installation de Ubuntu2006-11-17T08:08:24Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Ubuntu est un Linux issu de Debian<br />
<br />
voir [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/PublicDirectory/systeme/UbuntuInstallation.txt Installation Ubuntu] par Nicolas et Raymond<br />
<br />
On part du DVD fourni par Ubuntu<br />
<br />
* On boote dessus ...<br />
** Il demande quoi faire (on prend le 1er avec graphique)<br />
** Il charge un Linux complet sans toucher aux disques<br />
** Sur le bureau il y a une icone "Install"<br />
** Il demande alors sur quel disque ... les partitions à faire etc. <br />
** Tout est graphique et facile.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GenoretGenes&diff=1422GenoretGenes2006-09-04T13:27:47Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>GenoretGenes est la base de données construite sur le projet [[Gscope]] EVImm<br />
Il centralise les informations concernant les gènes de la rétine.<br />
Cette base est maintenue par [[Laëtitia Poidevin]]<br />
<br />
voir aussi le site WikiGenoret de [http://www-genoret.u-strasbg.fr/Wikigenoret/GenoretGenes GenoretGenes] <br />
et le site web [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/GenoretGenes GenoretGenes]</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Source_de_donn%C3%A9es&diff=1421Source de données2006-09-04T13:22:27Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Où sont stockées nos données, et comment y accéder : <br />
<br />
* Les projets Gscope<br />
** [[UCSCGenomes]]<br />
** [[ProGS]]<br />
** [[RetChip]]<br />
** [[RetGene]]<br />
**<br />
* Les bases de données SQL<br />
** [[Genoret Database]]<br />
** [[Retinobase]]<br />
** [[GenoretGenes]]<br />
* Les moyens d'accès<br />
** Les procédures Tcl de Gscope<br />
** Gscope en ligne de commande<br />
** Gscope en café des sciences<br />
** Gscope en serveur web<br />
** Les bases SQL</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida&diff=1413Kilida2006-07-03T09:04:58Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Kilida''' veut dire '''oeil''' en grec moderne.<br />
<br />
Kilida est destiné à devenir le serveur pour [http://www-genoret.u-strasbg.fr/genoret EVI-Genoret]<br />
et en attendant il sert de test pour le [http://alnitak.u-strasbg.fr LBGI]<br />
Wikili est le wiki de Kilida<br />
<br />
'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tourne maintenant sous Ubuntu'''<br />
voir [[Installation de Ubuntu]]<br />
tout ce qui suit est à mettre à jour <br />
<br />
Obsolete :'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tournait sous Fedora'''<br />
Raymond a mis le système FC4 à partir du DVD fourni par Serge.<br />
Au 22 mars 2006 rien de plus que le système n'a été installé<br />
sauf /usr/local qui est partagé avec les autres LINUX <br/><br />
Tout est en commun avec les autres machines sauf /homeKilida (voir ce qu'il contient)<br />
Il peut donc y avoir, des problèmes de superposition de packages entre la version propre à Kilida et /usr/local (à vérifier pour chaque bug)<br />
<br />
Obsolete : '''Qu'y avait-il dans FC4 que nous utilisons pour le site ?'''<br />
* /etc/httpd avec apache et php<br />
* mysql<br />
* postgresql<br />
<br />
Obsolete : Mise à jour complete le 24/04/2006 par (CA PLANTE) puis ça marche !<br />
* yum update (il tourne longtemps car 374 mises a jour et 20 nouveaux<br />
* ... hélas il se plante en plein milieu ... et ne bouge plus.<br />
* on reboot et là plus d'écran ... ABC nous change la carte graphique et ça repart ... (au début il y avait quand même de drôles de choses sur l'écran)<br />
* on le met dans le bocal central <br />
* yum update reprend bien ou il faut et se termine correctement !<br />
<br />
* [[Installation de CAPweb]]<br />
* [[Installation de R]]<br />
* [[Installation de Tcl/Tk]] <br />
<br />
'Obsolete : ''Upgrade en FC5'''<br />
* en bootant sur le DVD FC5 on demande la misa à jour<br />
* il y a toujours le problème avec la carte graphioque car des fois il ne redémarre pas<br />
<br />
<br />
Le site wwwLinux qui est sur alnitak est pour ainsi dire miroré sur Kilida.<br />
Comment ?<br />
* dans /homeKilida/wwwKilida il y a beaucoup de liens vers wwwLinux/xxx</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_Ubuntu&diff=1409Installation de Ubuntu2006-06-28T11:48:57Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Ubuntu est un Linux issu de Debian<br />
<br />
On part du DVD fourni par Ubuntu<br />
<br />
* On boote dessus ...<br />
** Il demande quoi faire (on prend le 1er avec graphique)<br />
** Il charge un Linux complet sans toucher aux disques<br />
** Sur le bureau il y a une icone "Install"<br />
** Il demande alors sur quel disque ... les partitions à faire etc. <br />
** Tout est graphique et facile.</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida&diff=1408Kilida2006-06-28T11:40:42Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Kilida''' veut dire '''oeil''' en grec moderne.<br />
<br />
Kilida est destiné à devenir le serveur pour [http://www-genoret.u-strasbg.fr/genoret EVI-Genoret]<br />
et en attendant il sert de test pour le [http://alnitak.u-strasbg.fr LBGI]<br />
Wikili est le wiki de Kilida<br />
<br />
'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tourne maintenant sous Ubuntu'''<br />
voir [[Installation de Ubuntu]]<br />
tout ce qui suit est à mettre à jour <br />
<br />
'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tournait sous Fedora'''<br />
Raymond a mis le système FC4 à partir du DVD fourni par Serge.<br />
Au 22 mars 2006 rien de plus que le système n'a été installé<br />
sauf /usr/local qui est partagé avec les autres LINUX <br/><br />
Tout est en commun avec les autres machines sauf /homeKilida (voir ce qu'il contient)<br />
Il peut donc y avoir, des problèmes de superposition de packages entre la version propre à Kilida et /usr/local (à vérifier pour chaque bug)<br />
<br />
'''Qu'y avait-il dans FC4 que nous utilisons pour le site ?'''<br />
* /etc/httpd avec apache et php<br />
* mysql<br />
* postgresql<br />
<br />
Mise à jour complete le 24/04/2006 par (CA PLANTE) puis ça marche !<br />
* yum update (il tourne longtemps car 374 mises a jour et 20 nouveaux<br />
* ... hélas il se plante en plein milieu ... et ne bouge plus.<br />
* on reboot et là plus d'écran ... ABC nous change la carte graphique et ça repart ... (au début il y avait quand même de drôles de choses sur l'écran)<br />
* on le met dans le bocal central <br />
* yum update reprend bien ou il faut et se termine correctement !<br />
<br />
* [[Installation de CAPweb]]<br />
* [[Installation de R]]<br />
* [[Installation de Tcl/Tk]] <br />
<br />
'''Upgrade en FC5'''<br />
* en bootant sur le DVD FC5 on demande la misa à jour<br />
* il y a toujours le problème avec la carte graphioque car des fois il ne redémarre pas<br />
<br />
<br />
Le site wwwLinux qui est sur alnitak est pour ainsi dire miroré sur Kilida.<br />
Comment ?<br />
* dans /homeKilida/wwwKilida il y a beaucoup de liens vers wwwLinux/xxx</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Kilida&diff=1407Kilida2006-06-28T10:31:42Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>'''Kilida''' veut dire '''oeil''' en grec moderne.<br />
<br />
Kilida est destiné à devenir le serveur pour [http://www-genoret.u-strasbg.fr/genoret EVI-Genoret]<br />
et en attendant il sert de test pour le [http://alnitak.u-strasbg.fr LBGI]<br />
Wikili est le wiki de Kilida<br />
<br />
'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tourne maintenant sous Ubuntu'''<br />
tout ce qui suit est à mettre à jour <br />
<br />
'''Kilida est un PC AMD Opteron qui tournait sous Fedora'''<br />
Raymond a mis le système FC4 à partir du DVD fourni par Serge.<br />
Au 22 mars 2006 rien de plus que le système n'a été installé<br />
sauf /usr/local qui est partagé avec les autres LINUX <br/><br />
Tout est en commun avec les autres machines sauf /homeKilida (voir ce qu'il contient)<br />
Il peut donc y avoir, des problèmes de superposition de packages entre la version propre à Kilida et /usr/local (à vérifier pour chaque bug)<br />
<br />
'''Qu'y avait-il dans FC4 que nous utilisons pour le site ?'''<br />
* /etc/httpd avec apache et php<br />
* mysql<br />
* postgresql<br />
<br />
Mise à jour complete le 24/04/2006 par (CA PLANTE) puis ça marche !<br />
* yum update (il tourne longtemps car 374 mises a jour et 20 nouveaux<br />
* ... hélas il se plante en plein milieu ... et ne bouge plus.<br />
* on reboot et là plus d'écran ... ABC nous change la carte graphique et ça repart ... (au début il y avait quand même de drôles de choses sur l'écran)<br />
* on le met dans le bocal central <br />
* yum update reprend bien ou il faut et se termine correctement !<br />
<br />
* [[Installation de CAPweb]]<br />
* [[Installation de R]]<br />
* [[Installation de Tcl/Tk]] <br />
<br />
'''Upgrade en FC5'''<br />
* en bootant sur le DVD FC5 on demande la misa à jour<br />
* il y a toujours le problème avec la carte graphioque car des fois il ne redémarre pas<br />
<br />
<br />
Le site wwwLinux qui est sur alnitak est pour ainsi dire miroré sur Kilida.<br />
Comment ?<br />
* dans /homeKilida/wwwKilida il y a beaucoup de liens vers wwwLinux/xxx</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=ProGS&diff=1384ProGS2006-05-24T15:53:52Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>ProGS est la base de données Gscope Clonage<br />
<br />
Developpée initialment pour créer les oligos pour Arnaud c'est maintenant une vraie unsine à gaz ... qui marche presque toute seule !<br />
<br />
En plus de gérer les oligos, commandes, ppcr, signaux, vecteurs d'expression ... elle fournit une étude Gscope de la séquence au Macsim de toutes les cibles de Génomique Structurale étudiées au Laboratoire de biologie et Génomique Structurales. <br />
<br />
ProGS est accessible par web à travers [[GscopeHtmlServer]] [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/cgi-bin/gscope_html_server.tcsh?ProGS http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/cgi-bin/gscope_html_server.tcsh?ProGS]<br />
<br />
Il faudrait développer Gscope Clonage en base de données SQL ...</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_R&diff=1383Installation de R2006-05-19T07:50:46Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Le R de /usr/local ne marchait pas <br />
<br />
* rpm -ivh /home/ripp/vrac/R-2.3.0-1.fc4.x86_64.rpm<br />
** il fallait installer tk.8.4.so avant (voir [[Installation de Tcl/Tk]])<br />
* dans R <br />
** > source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")<br />
** > biocLite()<br />
** > source("http://www.bioconductor.org/getBioC.R")<br />
** > getbioC()<br />
* pour les packages de R<br />
** R CMD INSTALL ~ripp/vrac/aws_1.3-2.tar.gz<br />
** R CMD INSTALL R_PACKAGES/GLAD_1.3.0.tar.gz<br />
** R CMD INSTALL R_PACKAGES/MANOR_1.3.0.tar.gz<br />
** R CMD INSTALL R_PACKAGES/cluster_1.10.2.tar.gz <br />
** R CMD INSTALL R_PACKAGES/Hmisc_3.0-7.tar.gz</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_R&diff=1382Installation de R2006-05-18T15:40:15Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Le R de /usr/local ne marchait pas <br />
<br />
* rpm -ivh /home/ripp/vrac/R-2.3.0-1.fc4.x86_64.rpm<br />
** il fallait installer tk.8.4.so avant (voir [[Installation de Tcl/Tk]])<br />
* dans R <br />
** > source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")<br />
** > biocLite()<br />
** > source("http://www.bioconductor.org/getBioC.R")<br />
** > getbioC()</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_R&diff=1381Installation de R2006-05-18T15:32:11Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Le R de /usr/local ne marchait pas <br />
<br />
* rpm -ivh /home/ripp/vrac/R-2.3.0-1.fc4.x86_64.rpm<br />
** il fallait installer tk.8.4.so avant (voir [[Installation de Tcl/Tk]])<br />
* dans R <br />
** > source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")<br />
** > biocLite()</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_R&diff=1380Installation de R2006-05-18T15:31:34Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Le R de /usr/local ne marchait pas <br />
<br />
# rpm -ivh /home/ripp/vrac/R-2.3.0-1.fc4.x86_64.rpm<br />
## il fallait installer tk.8.4.so avant (voir [[Installation de Tcl/Tk]])<br />
<br />
# dans R <br />
## > source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")<br />
> biocLite()</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Installation_de_R&diff=1379Installation de R2006-05-18T15:30:52Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Le R de /usr/local ne marchait pas <br />
<br />
rpm -ivh /home/ripp/vrac/R-2.3.0-1.fc4.x86_64.rpm<br />
<br />
il fallait installer tk.8.4.so avant (voir [[Installation de Tcl/Tk]])<br />
<br />
dans R <br />
> source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")<br />
> biocLite()</div>130.79.78.212https://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Source_de_donn%C3%A9es&diff=1378Source de données2006-05-16T06:57:17Z<p>130.79.78.212: </p>
<hr />
<div>Où sont stockées nos données, et comment y accéder : <br />
<br />
* Les projets Gscope<br />
** [[UCSCGenomes]]<br />
** [[ProGS]]<br />
** [[RetChip]]<br />
** [[RetGene]]<br />
**<br />
* Les bases de données SQL<br />
** [[Genoret Database]]<br />
** [[Retinobase]]<br />
* Les moyens d'accès<br />
** Les procédures Tcl de Gscope<br />
** Gscope en ligne de commande<br />
** Gscope en café des sciences<br />
** Gscope en serveur web<br />
** Les bases SQL</div>130.79.78.212