Difference between revisions of "UniprotData"

From Wikili
Jump to: navigation, search
(Created page with "UniprotData est la base de donnée Uniprot regroupant ici les fiches Embl de tout Swissprot et Trembl le programme GeneQuid permet l'interrogation rapide. GeneQuid a fai...")
 
Line 3: Line 3:
 
le programme [[GeneQuid]] permet l'interrogation rapide.
 
le programme [[GeneQuid]] permet l'interrogation rapide.
  
GeneQuid a fait l'indexation des ID et AC de toutes les fiches, et rend instantannément la ou les fiches ou champs qui lui sont demandés.
 
  
GeneQuid lit les 543GO de Uniprot.dat et crée un index (de 14GO) avec pour chaque ID ou AC la position dans ce ficher du début et de la fin de la fiche. Puis il crée une base Sqlite (22GO) avec cet index.
+
Lors de la création de la base GeneQuid lit les 543GO de Uniprot.dat et crée un index (de 14GO) avec pour chaque ID ou AC la position dans ce ficher du début et de la fin de la fiche. Puis il crée une base Sqlite (22GO) avec cet index.
  
En fonctionnement normal il ne se sert que du fichier Sqlite qui est lui-même indexé.
+
En fonctionnement normal GeneQuid ne se sert que du fichier Sqlite qui est lui-même indexé ce qui lui permet de rendre instantannément la ou les fiches ou champs qui lui sont demandés, et ce même s'il ne tournait pas lors de l'appel.
 +
 
 +
GeneQuid peut s'appeler en ligne de commande, en appel de procédure dans Gscope ou en web
 +
 
 +
 
 +
  lbgi.fr://wscoperr?GeneQuid&Help

Revision as of 18:23, 15 July 2020

UniprotData est la base de donnée Uniprot regroupant ici les fiches Embl de tout Swissprot et Trembl

le programme GeneQuid permet l'interrogation rapide.


Lors de la création de la base GeneQuid lit les 543GO de Uniprot.dat et crée un index (de 14GO) avec pour chaque ID ou AC la position dans ce ficher du début et de la fin de la fiche. Puis il crée une base Sqlite (22GO) avec cet index.

En fonctionnement normal GeneQuid ne se sert que du fichier Sqlite qui est lui-même indexé ce qui lui permet de rendre instantannément la ou les fiches ou champs qui lui sont demandés, et ce même s'il ne tournait pas lors de l'appel.

GeneQuid peut s'appeler en ligne de commande, en appel de procédure dans Gscope ou en web


 lbgi.fr://wscoperr?GeneQuid&Help