Difference between revisions of "Cluspack"
| (6 intermediate revisions by one other user not shown) | |||
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | |||
==Principe== | ==Principe== | ||
| Line 10: | Line 9: | ||
Le fichier d'entrée doit être formaté de la façon suivante : | Le fichier d'entrée doit être formaté de la façon suivante : | ||
* la première ligne indique le nombre des lignes et des colonnes. | * la première ligne indique le nombre des lignes et des colonnes. | ||
| + | * la deuxième ligne doit contenir des entêtes des colonnes ou doit rester vide ! | ||
* les lignes suivantes sont de la forme | * les lignes suivantes sont de la forme | ||
** la première colonne des données peut contenir des identifiants | ** la première colonne des données peut contenir des identifiants | ||
| Line 18: | Line 18: | ||
En ligne de commande (avec tous les arguments) : | En ligne de commande (avec tous les arguments) : | ||
| − | /biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2 | + | /biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc<br> |
| + | or:<br> | ||
| + | /biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=kmeans -nbc=dpc -dt2 -wc<br> | ||
| + | |||
autres choix des parametres : <br> | autres choix des parametres : <br> | ||
| − | -cm= | + | -cm=kmeans <br> |
number of clusters :<br> | number of clusters :<br> | ||
(mixturemodels :) -nbc=bic <br> | (mixturemodels :) -nbc=bic <br> | ||
| Line 28: | Line 31: | ||
(kMeans :) -dt1 | (kMeans :) -dt1 | ||
| − | more options | + | more options :<br> |
| − | -dt=[coordinates|alignment|distances|similarities] (fd stands for data_type) | + | -dt=[coordinates|alignment|distances|similarities] (fd stands for data_type)<br> |
| − | -cm=[kmeans|ward|bionj|mixturemodels] (cm stands for clustering_method) | + | -cm=[kmeans|ward|bionj|mixturemodels] (cm stands for clustering_method)<br> |
| − | -nbc=[secator|dpc|aic|bic|number] (nbc stands for method for computing the number of cluster and number is really a number like 4 etc.) | + | -nbc=[secator|dpc|aic|bic|number] (nbc stands for method for computing the number of cluster and number is really a number like 4 etc.)<br> |
| − | [-dt1|-dt2][-standardization][-standardized_data][-wc] ( | + | [-dt1|-dt2][-standardization] (dt1 stands for density1) |
| − | [-fd=number] (dt stands for filtering_distance) | + | [-standardized_data][-wc] (wc stands for write_coordinates)<br> |
| − | [-nbsim=nbsimulations] | + | [-fd=number] (dt stands for filtering_distance)<br> |
| − | [-otfa=outputFile for alignment] | + | [-nbsim=nbsimulations]<br> |
| − | [-oclu=outputFile for clustering] | + | [-otfa=outputFile for alignment]<br> |
| + | [-oclu=outputFile for clustering]<br> | ||
| + | |||
| + | |||
| + | Suggestion:<br> | ||
| + | run cluspack with nohup<br> | ||
Latest revision as of 17:32, 15 May 2010
Principe
Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models.
Voir le poster JOBIM 2005
Format d'entrée
Le fichier d'entrée doit être formaté de la façon suivante :
- la première ligne indique le nombre des lignes et des colonnes.
- la deuxième ligne doit contenir des entêtes des colonnes ou doit rester vide !
- les lignes suivantes sont de la forme
- la première colonne des données peut contenir des identifiants
- les autres colonnes de texte, annotation etc devront se trouver à la fin
Utilisation
En ligne de commande (avec tous les arguments) :
/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc
or:
/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=kmeans -nbc=dpc -dt2 -wc
autres choix des parametres :
-cm=kmeans
number of clusters :
(mixturemodels :) -nbc=bic
(kMeans :) -nbc=dpc
density :
(kMeans :) -dt1
more options :
-dt=[coordinates|alignment|distances|similarities] (fd stands for data_type)
-cm=[kmeans|ward|bionj|mixturemodels] (cm stands for clustering_method)
-nbc=[secator|dpc|aic|bic|number] (nbc stands for method for computing the number of cluster and number is really a number like 4 etc.)
[-dt1|-dt2][-standardization] (dt1 stands for density1)
[-standardized_data][-wc] (wc stands for write_coordinates)
[-fd=number] (dt stands for filtering_distance)
[-nbsim=nbsimulations]
[-otfa=outputFile for alignment]
[-oclu=outputFile for clustering]
Suggestion:
run cluspack with nohup
pour utiliser le GUI cré par Adeline et Nicolas :
setcluspack
cluspackX
Il existe aussi une variante de clustering itérative en ligne de commande: (cet exemple lancera 10 fois un clustering kMeans)
/biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10
