Difference between revisions of "GeneQuid"
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GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres... | GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres... | ||
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| + | source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid | ||
| + | set Reponse [Genequid UniProt P12345] | ||
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| − | Pour voir ce qui est disponible (principalement | + | Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterPro) |
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help | http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help | ||
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les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples | les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples | ||
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GeneQuid s'utilise | GeneQuid s'utilise | ||
* en ligne de commande | * en ligne de commande | ||
| − | /biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid | + | /biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345 |
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash) | ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash) | ||
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(qgq signifie Question à GeneQuid) | (qgq signifie Question à GeneQuid) | ||
* directement en Tcl | * directement en Tcl | ||
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* par web | * par web | ||
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En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) | En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) | ||
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| + | et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql puis balance tout dans ./production | ||
| − | + | Même chose pour InterPro le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz | |
Latest revision as of 12:45, 28 October 2020
Attention InterproData est maintenant InterPro, de même UniprotData est UniProt ou UniProtSw ou UniProtTrembl
GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en Café des sciences ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données UniprotData, InterproData, et autres... Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid set Reponse [Genequid UniProt P12345]
Résumé
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterPro)
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples
Comment ça marche
GeneQuid s'utilise
- en ligne de commande
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)
qgq UniProt P12345
(qgq signifie Question à GeneQuid)
- directement en Tcl
GeneQuid UniProt P12345
- par web
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) ON peut faire
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)
genequid puts Help genequid puts UniProt P12345
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences
Pour les mises à jour
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro,
Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql puis balance tout dans ./production
Même chose pour InterPro le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz
