Difference between revisions of "GeneQuid"
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Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl | Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl | ||
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid | source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid | ||
| − | set Reponse [Genequid | + | set Reponse [Genequid UniProt P12345] |
==Résumé== | ==Résumé== | ||
| − | Pour voir ce qui est disponible (principalement | + | Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterproData) |
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help | http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help | ||
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GeneQuid s'utilise | GeneQuid s'utilise | ||
* en ligne de commande | * en ligne de commande | ||
| − | /biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid | + | /biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345 |
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash) | ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash) | ||
| − | qgq | + | qgq UniProt P12345 |
(qgq signifie Question à GeneQuid) | (qgq signifie Question à GeneQuid) | ||
* directement en Tcl | * directement en Tcl | ||
| − | GeneQuid | + | GeneQuid UniProt P12345 |
* par web | * par web | ||
| − | http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid& | + | http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345 |
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) | En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) | ||
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genequid puts Help | genequid puts Help | ||
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qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences | qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences | ||
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Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, | Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, | ||
| − | Il dépose | + | Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update |
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Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz | Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz | ||
Revision as of 11:42, 28 October 2020
GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en Café des sciences ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données UniprotData, InterproData, et autres... Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid set Reponse [Genequid UniProt P12345]
Résumé
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterproData)
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples
Comment ça marche
GeneQuid s'utilise
- en ligne de commande
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)
qgq UniProt P12345
(qgq signifie Question à GeneQuid)
- directement en Tcl
GeneQuid UniProt P12345
- par web
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) ON peut faire
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)
genequid puts Help genequid puts UniProt P12345
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences
Pour les mises à jour
ATTENTION C'EST PAS EXACTEMENT COMME CA QUE CA SE PASSE ...
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro,
Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz
