Difference between revisions of "Java"
(→Librairies internes) |
(→sources internes) |
||
| Line 15: | Line 15: | ||
**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/Clustalw.htm Exemple pour faire des clustalw] | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/Clustalw.htm Exemple pour faire des clustalw] | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml] | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml] | ||
| Line 52: | Line 48: | ||
</rsf> | </rsf> | ||
**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)] | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)] | ||
| + | |||
| + | ===Fonctions BioJava utiles=== | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentFromFileMSF Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.] | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentMap l'Alignment en Map.] | ||
| + | *[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.] | ||
==Librairies== | ==Librairies== | ||
Revision as of 11:55, 19 December 2006
Langage de programmation orientée objet.
Contents
Où trouver les fichiers pour l'execution?
Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé en 1.5 sur alnitak et kilida
Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.
sources internes
Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java
- Exemple de fichier XML généré
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
- <rsf>
- <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du
feature</feature>
<sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
</rich_sequence>
- <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
<sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
</rich_sequence>
</rsf>
Fonctions BioJava utiles
- Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
- l'Alignment en Map.
- Enregistre un alignement en format rsf.
Librairies
JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
Grappa Pour générer des graphes de type graphviz
Documentation
Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java
La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)
Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE
