R

R est un logiciel pour les statistiques

Comment le lancer?

R sur Serveur

La version version 2.10.0 du logiciel R (pour calculer des statistiques) est installé pour star 3-8 ainsi que Alnitak (WR nov 09).
L’installation est accompagnée d’une collection de >140 modules/packages "BioConductor" et "CRAN" (et autres). Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à Wolfgang.
Pour lancer R sur les serveurs taper "R" , pour quitter R tappez : q() .

D'ailleurs la version 2.7.2 peut être démarré avec : /linux/local/lib64/R-2.7.2/bin/R
Et la version 2.9.1 peut être démarré avec : /linux/local/lib64/R-2.9.1/bin/R

Sinon, R est disponible en version 2.6.2 sur Kilida et Alnitak En tapant: /usr/bin/R

R pour Windows

On trouve la version la plus récente sur http://www.r-project.org/

Librairies

CRAN et Biocoductor sont des dépositoires principales pour des librairies en R.
Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH. Sur notre serveur il y a aussi quelques libraries installées, qui ne sont pas disponible travers ces respoitoires, notamment mixdist et farms

Librairies développées en collaboration avec le LBGI

• Flush propose des methodes pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix)

Librairies utiles

• rJava pour appeler du java depuis R

Performing Statistics using R

• t-test

Liens

• Le site originale du projet de R pour le calcul statistique

• Un wiki sur R
• Un wiki sur R en français

• Un site pour faire des graphics utilisant R

• Tinn-R est un editeur pour R sous Windows

• JRI (Java R Interface, une bibliothèque JNI pour communiquer en Java avec R) sur ce Wiki

• GEO Affymetrix GPL : GEO GPL-platform identifiers for various Affymetrix Microarrays

• RReportGenerator : un GUI pour des applications de routine utilisant R

Documentation et Tutorials

• Les livres disponibles au laboratoire.

• le manuel de référence de R par l'équipe de développement de R. ISBN 0-9546120-0-0 (vol. 1), ISBN 0-9546120-1-9 (vol. 2)

• Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html

• text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
  
• or text by E Paradis in English : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf

• Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/

• R Reference Card by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf

• liks to pdfs, … http://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/Rintro

Mailing Lists

• the official R-help mailing list is VERY active, you can also search the past messages in the archives by Robert King and U. Newcastle and by Jonathan Baron
  Besides, there are several dedicated/specialized lists like the ones for Bioconductor or Deep sequencing.

• For messages specific to the installation (and updates) at the IGBMC please subscribe to the IGBMC BioInfoClub

• There is also a French User Group