Yannick-Noël Anno
Revision as of 16:42, 22 April 2007 by Yannick-Noel (talk | contribs)
Parcours
- 1979-1979: Naissance, 3,250 kgs
- (...)
- 2000-2001: Maitrise de Biologie Cellulaire & Physiologie
- 2001-2005: Informaticien
- 2005-2007: Master Génomique Structurale & Bioinformatique (Stagiaire au LBGI d'octobre 2006 à juin 2007)
Thèmatique de recherche
Localisation des sites de fixation de facteurs de transcription (TFBS)
Utilitaires
- AverageSize : Détermine la longueur moyenne d'un exon ou un intron donné pour un ensemble de gènes donné (UCSC refGenes par défaut)
- MonoExonCount : Détermine le nombre de gène ne possèdant qu'un unique exon (UCSC refGenes par défaut)
- ChromSize : Renvoie la taille d'un chromosome donné pour un génome donné (données Ensembl, souris seulement à ce jour)
- ConservHM : Recherche un ensemble de séquences humaines (TFBS) dans les zones conservées homme-souris et les score au besoin (UCSC)
- LocInBoost : Recherche si un TFBS se retrouve dans un gène (UTR, CDS, introns) et à quelle distance du gène et de l'entité (intron/exon). (Données par défaut : UCSC knownGenes)
- Mapper : Recherche le gène le plus proche d'un TFBS (peu importe le brin, en 5', interne ou en 3') et fournit la distance au TSS en vue d'un mapping sur un chromosome moyen. (S'appuie sur LocInBoost, LocAfterBoost et LocBeforeBoost)
- Dispatch : Classe les distances de Mapper par tranches de N paires de bases en vue d'une représentation graphique.
