Compléments d'explication pour le Tp de programmation du mardi 23 janvier 2018. Blast.

    La banque Blast : 
        cd /blast          # dans ce répertoire se trouvent toutes nos banques blast
        ls -l              # beaucoup de choses ;)
        ls -l sprot*       # sprot contient toutes les séquences de SwissProt
                           # la banque blast est composée des fichiers .phr .psd .psi .psq  
        more sprot         # remarquez les lignes avec chevrons
                           #>sp|Q6GZX4|001R_FRG3G Putative transcription factor 001R OS=Frog virus 3 (isolate Goorha) GN=FV3-001R PE=4 SV=1 OX=654924
                           #   j'y ai mis les OS OX
                           
    Le fichier fasta à blaster sur la banque
        cd /genomics/link/Pabyssi/prottfa
        ls 
        more /genomics/link/Pabyssi/prottfa/PABY1135


    Comment lancer le blast en ligne de commande
        cd 
        cd Tp
        blastall -p blastp -d /blast/sprot -i /genomics/link/Pabyssi/prottfa/PABY1135 -o toto.blast
        more toto.blast