Dans /genome on trouve les répertoires de tous les organismes dont on a le génome complet.

    par exemple /genome/P.abyssi ou  /genome/H.sapiens .

Dans chaque répertoire on trouve les fichiers
    xxxxx.header xxxxx.names xxxxx.numbers xxxxx.offset xxxxx.ref xxxxx.seq

Pour faire une banque blast, par exemple E.coli2, Fred utilise les commandes

        tofastadb "ecoli2:\* -nomonitor -out=tmp.tfa -default
    formatdb -i tmp.tfa -t "Escherichia coli genome" -pF -n ecoli2

Et c'est magique ! Ca marche ...  On remarquera que :

• comment tofastadb sait-il que ecoli2 est dans le repertoire /genome/E.coli/ ?
• le fichier  tmp.tfa contient des lignes >ECOL2:AE005174_22 et non pas >ECOLI2:AE005174_22 !
• les banques blast ne devant pas dépasser 300 000 car GCG est un peu limité ... les séquences sont rangées par fragments de 110 000 avec recouvrement de 10 000

• quand les banques sont installées, GCG va lire les fichiers .header où l'on trouve la ligne

        où l'on voit qu'au LongName ecoli2 est associé le ShortNameecol2
            et que la racine xxxxx des fichiers est dans EcoliDir:ecoli2
           EcoliDir étant /genome/E.coli parce que GCG a ses propres tables ...

        Comprendo ? Gscope a compris ... Il fournit même les fonctions  SNduLNgcg et LNduSNgcg
        telles que [SNduLNgcg ecoli2] retourne ecol2  et  [LNduSNgcg ecol2] retourne ecoli2

• dans l'entête de chaque fragment figure la ligne

    'from base 70001' nous donne l'offset par rapport au debut du génome,
        derrière  (AE005174 on trouve l'oganisme en latin !

• ces entêtes sont heureusement stockées dans les fichiers de base blast  /blast/bbbbbb.nhr

Gscope relit ces .nhr et crée le fichier  completegenome.header,et plus tard  completegenome.frag qui donnera accès aux offsets et organismes.

Petite remarque : je ne comprends pas pourquoi tofastadb ne marche plus ...