Neopipe

Le NeoPipe est uniquement installé sur studio pour le moment.

Informations

• Nom : NeoPipe
• Description : A new toolkit for protein family analysis
• Développeur : Vincent Walter
• Architecte/Project Manager : Hoan Nguyen
• Crédits : FRISBI/INSTRUCT
• copyright : LBGI (ICUBE); Integrated Structural Biology (IGBMC)
• Dernière version : 1.0.0
• Date de dernière version : 11.02.2014
• Langage de programmation et Framework : Java 7, JBOSS jBPM
• Environnement : Linux (Debian-based)
• Langue : Anglais / Français
• Type : Bioinformatique

Installation

Dépendances

Pour pouvoir utiliser NeoPipe il faut télécharger et/ou installer un certain nombre de programmes :

Pour la recherche de protéines homologues :

• BLAST+

Pour les alignements :

• PyBallast
• DbClustal
• Clustal Ω 1.2+
• KAlign 1.04+
• TCoffee 10.00+
• MAFFT 7+

Pour la correction d'alignements :

• Rascal
• Leon

Pour évaluer la qualité de l'alignement :

• NorMD

Pour le clustering et annotations d'alignements :

• Cluspack
• Macsim

S'assurer que chacun de ces produits soient fonctionnels avant de continuer.

Installation

Pour installer le NeoPipe, il suffit de déployer l'archive .jar et son launcher. Les librairies nécessaires au fonctionnement du NeoPipe sont embarquées dans l'archive.

Pour pouvoir s'exécuter, il faudra que Java 7 (ou version ultérieure) soit installée sur le serveur.

Le programme est installé sur le serveur et peut-être utilisé avec la commande neopipe directement accessible (de n'importe où)

Configuration

La configuration par défaut se trouve à l'emplacement /etc/lbgi/neopipe/.

Si l'option -c / --confdir n'est pas renseignée, la configuration par défaut du pipe sera utilisée : /etc/lbgi/neopipe/

Si vous voulez customiser l'installation, il vous faudra copier l'ensemble de la configuration dans un répertoire

mkdir ~/neopipeconf
cp -r /etc/lbgi/neopipe ~/neopipeconf

Puis modifier les paramètres d’exécution pour les différents programmes.

Les options définies dans /etc/lbgi/ sont prioritaires et écrasent les paramètres de l'utilisateur (permet de poser des restrictions, comme pour le nombre de threads)

Si des options ne sont pas implémentées sur certains programmes et que vous voulez les utiliser : me contacter (v.walter@unistra.fr)

Exécution

Options

Mot	Lettre	Type	Description
--confdir	-c	Path	Le repertoire contenant les fichiers de configuration pour les differents noeuds du NeoPipe
--input	-i	Path	Le fichier d'entree du NeoPipe (au format Fasta ou MSF)
--project	-p	String	Le nom du projet associe à l'analyse
--type	-t	String	Type d'analyse (alignement, annotations, structure)
--reference	-r	String	Le nom de la sequence de reference necessaire pour differentes etapes du NeoPipe
--outdir	-o	Path	Le repertoire ou seront enregistres tous les fichiers generes par les differentes noeuds du NeoPipe
--mail	-m	Mail	L'adresse mail a laquelle renvoyer l'ensemble des fichiers generes par les differents noeuds du NeoPipe
--alignment	-a	String	Permet de choisir le programme d'alignement. Valeurs autorisées : clustalo, dbclustal, kalign, mafft, tcoffee
--compress	-z	String	Le format de compression utilise pour creer l'archive envoyee par mail
--set	-s	boolean	Execute un pipe par proteine (dans le cas d'un Fasta multi-sequences)
--overwrite	-w	boolean	Ecrase les fichiers si ils existent déjà.
--help	-h	boolean	Affiche l'aide

Certaines de ces options ne sont pas encore complètement fonctionnelles :

• --compress : seule l'option zip est disponible pour le moment
• --overwrite : n'écrase pas les documents s'ils existent (sortie de Blast uniquement) et passe directement à l'étape suivante
• --mail : ne fonctionne que pour des résultats de petits volumes (<10Mo et non répétés), il faut d'abord que je fasse sauter les limitations "spam" de la boite mail utilisée pour l'envoi (neopipe@outlook.com)
• --type : n'effectue que le type annotations c'est-à-dire de Blast à Macsim (par défaut)

D'autres ne sont pas implémentées :

• --set

Exemples

neopipe --confdir <config_dir> --input <fichier_fasta> --output <output_dir> --alignment kalign --p <project_name> --compress zip
neopipe -c <config_dir> -i <fichier_fasta> -o <output_dir> -a kalign  -p <project_name> -z zip -a

Correction de bugs

Si vous avez une erreur, envoyez moi

• la ligne de commande entrée
• le message d'erreur complet affiché dans la console
• le fichier fasta soumis