Dans le fichier d'entrée pour molscript il y a un commande window xxx. Si on ne met pas cette commande, molscript choisit la meilleur valeur pour avoir tout le dessin. Il affiche à l'écran ce qu'il a choisi; le noter sur un bout de papier.
Si on ne fait qu'un seul dessin la valeur qu'il choisit est certainement parfaite. Si on fait plusieurs dessins, des petites, des grandes, des moyennes molécules, elles ne vont pas être toutes à la même échelle! D'où l'intérêt du paramètre window qui doit être le même pour tout le monde (un Å est un Å).